В 1991 году, после распада Советского Союза и принятия декларации о независимости, крымские власти приняли решение разработать собственный флаг республики. С этой целью в Крыму был объявлен конкурс на лучший вариант официального знамени полуострова.
Специальная комиссия при Верховном Совете Крыма, рассмотрев множество представленных вариантов, остановила свой выбор на проекте художника Василия Трусова и историка Андрея Мальгина, которые предложили выполнить флаг Крыма в сине-бело-голубых цветах.
Официальный флаг Крыма был утвержден в качестве символа Республики 24 сентября 1992 года.
Современный флаг Крыма своим цветовым сочетанием очень похож на национальный флаг России. Знамя полуострова представляет собой полотнище с горизонтальными полосами синего, белого и красного цветов. При этом, средняя полоса флага занимает 2/3 общей его площади, а верхняя и нижняя – по 1/6.
По замыслу создателей флага, его цвета означают исторические времена Крыма: синий – это светлое будущее, белый – настоящая действительность, красный — трагическое и вместе с тем, героическое прошлое полуострова
При разработке цветовой концепции крымского знамени также учитывалось, что синий, красный и белый цвета являются традиционными оттенками для флагов стран и регионов юго-восточной Европы.
Ходившие по Крыму слухи о том, что после вхождения полуострова в состав России, его официальные символы, в том числе и флаг, будут заменены на новые, оказались беспочвенными. 5 июня 2014 года Государственный Совет Крыма принял закон, который закрепил статус действующего флага уже в составе Российской Федерации.
С 2016 года дата 24 сентября отмечается в Крыму на официальном уровне, как День Государственного герба и Государственного флага Республики Крым. Раньше День государственного флага Крыма отмечался 19 января.